Ο Γιάνης Βαρουφάκης διδάσκει οικονομική θεωρία και πολιτική οικονομία στο Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αθηνών. Παράλληλα διευθύνει το Διδακτορικό Πρόγραμμα στις Οικονομικές Επιστήμες UADPhilEcon. Προηγουμένως δίδασκε στα Πανεπιστήμια του Sydney, Γλασκώβης, East Anglia και Louvain-la-neuve. Τα βιβλία του περιλαμβάνουν τους τίτλους "Rational Conflict" (Blackwell, 1991), "Foundations of Economics" (Routledge, 1998), "Θεωρία Παιγνίων".