Ο Ευθύμιος Νικολαΐδης γεννήθηκε στην Αθήνα. Έλαβε το πτυχίο του στη Γαλλία και σπούδασε Φυσική στο Paris XI-Orsay και Ιστορία της Επιστήμης στο Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales του Παρισιού. Εντάχθηκε στο Πρόγραμμα Ιστορίας της Επιστήμης του Ινστιτούτου Νεοελληνικών Ερευνών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών το 1984. Από το 2003 είναι διευθυντής αυτού του προγράμματος.