Ο Ευάγγελος Μάλλιος γεννήθηκε το 1974 στην Αθήνα. Σπούδασε νομικά στο Πανεπιστήμιο Αθηνών (1992-1997) και συνέχισε τις μεταπτυχιακές σπουδές του στο Πανεπιστήμιο Paris I (Pantheon-Sorbonne), στους τομείς του Ποινικού (1998) και του Δημοσίου Δικαίου (1999). Στη συνέχεια εκπόνησε στο Πανεπιστήμιο Αθηνών τη διδακτορική διατριβή του με τίτλο "Το ανθρώπινο γονιδίωμα. Γενετική έρευνα και προστασία των ανθρωπίνων δικαιωμάτων" υπό την εποπτεία του καθηγητή Ν. Αλιβιζάτου (2002).