Οι ριφθέντες στην πυρά της Ιεράς Εξετάσεως επιστήμονες ήσαν γνώστες και ερευνητές της αρχαιοελληνικής ορθολογικής σκέψης, των ανεπανάληπτων συγγραμμάτων των προ- και μετα-σωκρατικών σοφών, τα οποία απεκάλυπταν την πλάνη και το παράλογο των θρησκευτικών δογμάτων κυρίως της Π. Διαθήκης, σε κείμενα της οποίας εδράζετο η όλη ιδεολογική παράνοια των ιεροεξεταστών. Ο επιστημονικός ορθολογισμός θεωρείτο περιττός και άχρηστος στην μεσαιωνική κοινωνία, η οποία κάτω από την καθοδήγηση του Ιερατείου έπρεπε ψυχή τε και σώματι να αφοσιωθεί στην γνώση του λόγου του θεού (του περιεχομένου των Γραφών). Ο μυστικισμός και ο δογματισμός έπρεπε να γίνουν κτήμα του αμόρφωτου λαού του Μεσαίωνα, και δια της ιεράς κατηχήσεως να επιβληθεί το δόγμα του διαχωρισμού της αμαρτωλής ύλης από το άφθαρτο και υπερούσιο θεϊκό πνεύμα και επομένως τής μολυσμένης Γης από τον άυλο και αγνό ουρανό όπου ευρίσκεται η τελική ανάπαυση της αθάνατης ψυχής του άνθρωπου.